公司可以依据股东协议起诉股东，只要该协议有效即可。根据相关法律规定，股东协议也就是公司章程，对于所有的股东都具有约束力，是公司内部的最高效力文件。
法律依据:
《公司法》第二十二条
公司股东会或者股东大会、董事会的决议内容违反法律、行政法规的无效。
股东会或者股东大会、董事会的会议召集程序、表决方式违反法律、行政法规或者公司章程，或者决议内容违反公司章程的，股东可以自决议作出之日起六十日内，请求人民法院撤销。
股东依照前款规定提起诉讼的，人民法院可以应公司的请求，要求股东提供相应担保。
公司根据股东会或者股东大会、董事会决议已办理变更登记的，人民法院宣告该决议无效或者撤销该决议后，公司应当向公司登记机关申请撤销变更登记。
