公司股权变更登记的程序就是携带申请书、股权转让协议、营业执照以及受让人的相关信息提出申请登记。根据相关法律规定，变更股权只是为了对抗善意第三人。
法律依据:
《公司登记管理条例》第三十四条
有限责任公司变更股东的，应当自变更之日起30日内申请变更登记，并应当提交新股东的主体资格证明或者自然人身份证明。
有限责任公司的自然人股东死亡后，其合法继承人继承股东资格的，公司应当依照前款规定申请变更登记。
有限责任公司的股东或者股份有限公司的发起人改变姓名或者名称的，应当自改变姓名或者名称之日起30日内申请变更登记。
