遇到二手房阴阳合同的处理方式如下： 1、如果签订的两份合同，按照规定，既不需要批准，也无须备案，则以实际履行的合同为准。在实践中，有法院会以时间在后的合同价为准。除非有证据证明前一份合同价是为规避纳税及骗取贷款等原因而签订的虚假价格。其中，这个举证责任是由提出异议方来承担的，即谁认为前一份合同是虚假的，谁就应当承担这个举证责任。
2、如果合同需要备案的，以备案的合同为准，这是一般原则。但是，如果备案的合同没有实际履行，而实际履行的合同中有违法利益，则价格以实际履行的合同为准，其余按照备案的合同约定，备案合同未约定的，而阴合同又有相关内容的按阴合同的约定执行。
法律依据:
《中华人民共和国民法典》第一百四十三条具备下列条件的民事法律行为有效：
（一）行为人具有相应的民事行为能力；
（二）意思表示真实；
（三）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
《中华人民共和国民法典》第四百六十九条当事人订立合同，可以采用书面形式、口头形式或者其他形式。
书面形式是合同书、信件、电报、电传、传真等可以有形地表现所载内容的形式。
以电子数据交换、电子邮件等方式能够有形地表现所载内容，并可以随时调取查用的数据电文，视为书面形式。
