网站代理合同的注意事项分别有：注网站代理合同双方的主体身份和意思表示；注意网站代理合同的合同标的、价格；注意网站代理合同的使用期限、使用范围和使用限制等；注意网站代理合同双方的违约责任和争议解决方法等；法定的其他注意事项等。
法律依据:
《中华人民共和国民法典》第四百七十条合同的内容由当事人约定，一般包括下列条款：
（一）当事人的姓名或者名称和住所；
（二）标的；
（三）数量；
（四）质量；
（五）价款或者报酬；
（六）履行期限、地点和方式；
（七）违约责任；
（八）解决争议的方法。
当事人可以参照各类合同的示范文本订立合同。
