公司清算后剩余资产可以按照出资比例进行分配。根据相关法律规定，出资人滥用法人独立地位和出资人有限责任，逃避债务的，应当适用法人人格否认制度。
法律依据:
《公司法》第一百八十六条
清算组在清理公司财产、编制资产负债表和财产清单后，应当制定清算方案，并报股东会、股东大会或者人民法院确认。公司财产在分别支付清算费用、职工的工资、社会保险费用和法定补偿金，缴纳所欠税款，清偿公司债务后的剩余财产，有限责任公司按照股东的出资比例分配，股份有限公司按照股东持有的股份比例分配。清算期间，公司存续，但不得开展与清算无关的经营活动。
