新三板上市期间可以办理股权质押，二者并不冲突。但是可以转让的股权才可以质押。未经质权人同意，出质人不得转让股权。质权登记才能设立。而不是签订合同就会设立。
法律依据:
《中华人民共和国民法典》第四百三十条质权人有权收取质押财产的孳息，但是合同另有约定的除外。前款规定的孳息应当先充抵收取孳息的费用。
《中华人民共和国民法典》第四百四十条债务人或者第三人有权处分的下列权利可以出质：
（一）汇票、本票、支票；
（二）债券、存款单；
（三）仓单、提单；
（四）可以转让的基金份额、股权；
（五）可以转让的注册商标专用权、专利权、著作权等知识产权中的财产权；
（六）现有的以及将有的应收账款；
（七）法律、行政法规规定可以出质的其他财产权利。
