自来水企业要缴纳增值税应当按简易办法依照6%征收率征收增值税。但是使用简易办法征收增值税，不得抵扣进项税额，对于一般纳税人，税率为6%，对于小规模纳税人，税率为3%。
法律依据:
《关于部分货物适用增值税低税率和简易办法征收增值税政策的通知》三
对属于一般纳税人的自来水公司销售自来水按简易办法依照6%征收率征收增值税，不得抵扣其购进自来水取得增值税扣税凭证上注明的增值税税款。
《增值税暂行条例》第一条
在中华人民共和国境内销售货物或者加工、修理修配劳务（以下简称劳务），销售服务、无形资产、不动产以及进口货物的单位和个人，为增值税的纳税人，应当依照本条例缴纳增值税。
第二条
增值税税率：
（一）纳税人销售货物、劳务、有形动产租赁服务或者进口货物，除本条第二项、第四项、第五项另有规定外，税率为17%。
（二）纳税人销售交通运输、邮政、基础电信、建筑、不动产租赁服务，销售不动产，转让土地使用权，销售或者进口下列货物，税率为11%：
1.粮食等农产品、食用植物油、食用盐。
