企业不愿意注销二建证书的，二级建造师可向省级建设主管部门申请注销注册证书和执业印章。聘用企业与注册建造师解除劳动关系的，应当及时申请办理注销注册或变更注册。
法律依据:
《注册建造师执业管理办法（试行）》第十九条
聘用企业与注册建造师解除劳动关系的，应当及时申请办理注销注册或变更注册。聘用企业与注册建造师解除劳动合同关系后无故不办理注销注册或变更注册的，注册建造师可向省级建设主管部门申请注销注册证书和执业印章。
注册建造师要求注销注册或变更注册的，应当提供与原聘用企业解除劳动关系的有效证明材料。建设主管部门经向原聘用企业核实，聘用企业在7日内没有提供书面反对意见和相关证明材料的，应予办理注销注册或变更注册。
