蔬菜配送公司应当缴纳印花税、增值税以及企业所得税等税费。只有农业生产者销售的自产农产品才会免征增值税。增值税是指对从事销售货物或提供加工、修理修配劳务、以及进口货物的单位和个人取得的增值额为课税对象征收的一种税。是一种流转税。
法律依据:
《中华人民共和国增值税暂行条例》第十五条
下列项目免征增值税：
（一）农业生产者销售的自产农产品；
（二）避孕药品和用具；
（三）古旧图书；
（四）直接用于科学研究、科学试验和教学的进口仪器、设备；
（五）外国政府、国际组织无偿援助的进口物资和设备；
（六）由残疾人的组织直接进口供残疾人专用的物品；
（七）销售的自己使用过的物品。
除前款规定外，增值税的免税、减税项目由国务院规定。任何地区、部门均不得规定免税、减税项目。
