一、什么部门对耕地保护负总责
省、自治区、直辖市人民政府对本行政区域耕地保护负总责，并且国务院对其耕地保护情况进行考核。
《中华人民共和国土地管理法实施条例》
第十三条 省、自治区、直辖市人民政府对本行政区域耕地保护负总责，其主要负责人是本行政区域耕地保护的第一责任人。
省、自治区、直辖市人民政府应当将国务院确定的耕地保有量和永久基本农田保护任务分解下达，落实到具体地块。
国务院对省、自治区、直辖市人民政府耕地保护责任目标落实情况进行考核。
二、基本农田的保护制度
1.基本农田保护规划
各级人民政府在编制土地利用总体规划时，应将基本农田保护作为规划的一项重要内容，明确基本农田保护的布局安排、数量指标和质量要求。
2.划定基本农田保护区
县级和乡(镇)土地利用总体规划应当确定基本农田保护区。保护区以乡(镇)为单位划区定界，由县级人民政府设立保护标志，予以公告。
3.基本农田占用审批
基本农田保护区经依法划定后，任何单位和个人不得改变或者占用。国家能源、交通、水利、军事等重点建设项目选址确实无法避开基本农田保护区，需要占用基本农田，必须报国务院批准。
4.基本农田占补平衡
建设占用多少基本农田，就必须补划数量相等、质量相当的耕地，确保本行政区域内土地利用总体规划确定的基本农田面积不减少。禁止任何单位和个人在基本农田保护区内建窑、建坟、挖沙、采石、采矿、取土、堆放固体废弃物或者进行破坏基本农田的活动;禁止任何单位和个人闲置、荒芜基本农田;禁止任何单位和个人擅自占用基本农田发展林果业和挖塘养鱼。
5.基本农田保护责任
县级以上地方各级人民政府都要承担基本农田保护的责任。要通过层层签订基本农田保护责任书，将基本农田保护的责任落实到人、落实到地块，并作为考核领导干部政绩的重要内容。
通过上述分析知道，依据《土地管理法实施条例》的规定，省、自治区、直辖市人民政府对本行政区域耕地保护负总责，其主要负责人是本行政区域耕地保护的第一责任人。对于耕地保护情况，由国务院进行考核。如果需要法律方面的帮助，读者可以到醉学网网进行咨询。
