补办养殖场手续流程如下：提交土地建设养殖场申请书到村委会，向县级以上地方人民政府兽医主管部门申请办理动物防疫条件合格证，向当地环保局申请办理环评手续，经省级畜牧行政主管部门审核同意后，报农业部核定，办理经营许可证。
法律依据:
《中华人民共和国畜牧法》第三十九条畜禽养殖场应当具备下列条件：
（一）有与其饲养规模相适应的生产场所和配套的生产设施；
（二）有为其服务的畜牧兽医技术人员；
（三）具备法律、行政法规和国务院农业农村主管部门规定的防疫条件；
（四）有与畜禽粪污无害化处理和资源化利用相适应的设施设备；
（五）法律、行政法规规定的其他条件。
《中华人民共和国畜牧法》第四十条畜禽养殖场的选址、建设应当符合国土空间规划，并遵守有关法律法规的规定；不得违反法律法规的规定，在禁养区域建设畜禽养殖场。
