个体工商户拆迁的，征收部门应当补偿以下费用：
1、被征收房屋价值的补偿具体由具有相应资质的房地产价格评估机构评估确定。如果当事人对评估结果有异议的，可以向房地产价格评估机构申请复核评估。
2、因征收房屋造成搬迁的，需要补偿搬迁费；选择房屋产权调换的，在产权调换房屋交付前，需要支付临时安置费或者提供周转用房。
3、征收房屋导致的停产停业损失具体根据房屋被征收前的效益、停产停业期限等因素确定。
房屋征收部门与被征收人需要签订补偿协议，内容包括补偿方式、补偿金额和支付期限、用于产权调换房屋的地点和面积、搬迁费、临时安置费或者周转用房、停产停业损失、搬迁期限、过渡方式和过渡期限等。如果一方不履行协议的，另一方可以向法院提起诉讼。
法律依据:
《国有土地上房屋征收与补偿条例》第十七条作出房屋征收决定的市、县级人民政府对被征收人给予的补偿包括：
（一）被征收房屋价值的补偿；
（二）因征收房屋造成的搬迁、临时安置的补偿；
（三）因征收房屋造成的停产停业损失的补偿。
市、县级人民政府应当制定补助和奖励办法，对被征收人给予补助和奖励。
