如果宅基地因自然灾害等原因而灭失，宅基地使用权会消灭。此时，应当对失去宅基地的村民重新分配宅基地。
有以下情形的，宅基地使用权会消灭：
1、宅基地使用权被收回或者调整后，原来的宅基地使用权消灭。
2、国家征收宅基地的，原来的宅基地使用权消灭。
3、权利人抛弃宅基地使用权时，该权利消灭，且不能再申请新的宅基地。
4、宅基地如果发生灭失，则宅基地使用权也会消灭。
5、宅基地长期闲置的，会对宅基地进行回收，此时，宅基地使用权会消灭。
法律依据:
《中华人民共和国民法典》第三百六十四条宅基地因自然灾害等原因灭失的，宅基地使用权消灭。对失去宅基地的村民，应当依法重新分配宅基地。
《中华人民共和国民法典》第三百六十五条已经登记的宅基地使用权转让或者消灭的，应当及时办理变更登记或者注销登记。
