三楼使用二楼商铺楼顶是违法的。如果三楼适用二楼商铺楼顶的，这栋楼的业主可以追究其法律责任。
开发商对二楼商铺楼顶没有销售资格，对于整栋楼的业主而言，其作为公共场所，都可以使用。如果有人对楼顶进行改建，其他人可以进行制止。
根据法律规定，业主对对专有部分以外的共有部分享有共有和共同管理的权利。如果其转让建筑物内的住宅、经营性用房的，对共有部分享有的共有和共同管理的权利一并转让。
法律依据:
《中华人民共和国民法典》第二百七十一条业主对建筑物内的住宅、经营性用房等专有部分享有所有权，对专有部分以外的共有部分享有共有和共同管理的权利。
《中华人民共和国民法典》第二百七十三条业主对建筑物专有部分以外的共有部分，享有权利，承担义务；不得以放弃权利为由不履行义务。业主转让建筑物内的住宅、经营性用房，其对共有部分享有的共有和共同管理的权利一并转让。
