公司合并程序需要经过代表三分之二表决权的股东通过，之后报请政府批准、编制资产负债表及财产清单，并通知公告债权人，最后到工商机关办理变更登记。
法律依据:
《公司法》第四十三条
股东会的议事方式和表决程序，除本法有规定的外，由公司章程规定。
股东会会议作出修改公司章程、增加或者减少注册资本的决议，以及公司合并、分立、解散或者变更公司形式的决议，必须经代表三分之二以上表决权的股东通过。
第六十六条
国有独资公司不设股东会，由国有资产监督管理机构行使股东会职权。国有资产监督管理机构可以授权公司董事会行使股东会的部分职权，决定公司的重大事项，但公司的合并、分立、解散、增加或者减少注册资本和发行公司债券，必须由国有资产监督管理机构决定；其中，重要的国有独资公司合并、分立、解散、申请破产的，应当由国有资产监督管理机构审核后，报本级人民政府批准。
前款所称重要的国有独资公司，按照国务院的规定确定。
