个人房屋抵押登记的程序是抵押人准备好主合同和抵押合同，抵押人的身份证明文件，抵押房产的房产证等到登记部门申请抵押登记，然后办理抵押登记。以房屋抵押的，抵押权在办理抵押登记时设立。
法律依据:
《中华人民共和国城市房地产管理法》第四十七条房地产抵押，是指抵押人以其合法的房地产以不转移占有的方式向抵押权人提供债务履行担保的行为。债务人不履行债务时，抵押权人有权依法以抵押的房地产拍卖所得的价款优先受偿。
《中华人民共和国城市房地产管理法》第四十八条依法取得的房屋所有权连同该房屋占用范围内的土地使用权，可以设定抵押权。
以出让方式取得的土地使用权，可以设定抵押权。
