公司发生纠纷一般自行处理。若双方不能自行处理，可以通过仲裁协议找约定的仲裁机关处理，或协商一致申请第三方依法进行调解，仍无法处理纠纷的，应当向法院起诉处理。
法律依据:
《中华人民共和国民法典》第二百三十三条物权受到侵害的，权利人可以通过和解、调解、仲裁、诉讼等途径解决。
《民事案件案由规定》二十一 与公司有关的纠纷
262.股东资格确认纠纷
263.股东名册记载纠纷
264.请求变更公司登记纠纷
265.股东出资纠纷
266.新增资本认购纠纷
267.股东知情权纠纷
268.请求公司收购股份纠纷
269.股权转让纠纷
270.公司决议纠纷
