设施农业用地违法的处罚：
1、由自然资源主管部门没收违法所得；
2、恢复土地原状，可并处罚款；
3、责令限期改正或治理，责令缴纳复垦费，对直接负责的主管人员与其他直接责任人员，依法给予行政处分；
4、如果构成犯罪的，还将追究刑事责任。
法律依据:
《中华人民共和国土地管理法》第七十四条买卖或者以其他形式非法转让土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门没收违法所得；对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法转让的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，对符合土地利用总体规划的，没收在非法转让的土地上新建的建筑物和其他设施；可以并处罚款；对直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
《中华人民共和国土地管理法》第七十六条违反本法规定，拒不履行土地复垦义务的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令限期改正；逾期不改正的，责令缴纳复垦费，专项用于土地复垦，可以处以罚款。
