公司股东分歧的处理方式：一般情况下，由纠纷当事人协商处理。若当事人协商不成的，可以召开股东大会，一般经出席会议的股东所持表决权过半数通过的一方主张有效，但合并、分立、解散等重大事项需要经出席会议的股东所持表决权的三分之二以上通过。当事人对表决仍不满意的，则可以向法院起诉处理。
法律依据:
《《中华人民共和国公司法》》第一百零三条股东出席股东大会会议，所持每一股份有一表决权。但是，公司持有的本公司股份没有表决权。
股东大会作出决议，必须经出席会议的股东所持表决权过半数通过。但是，股东大会作出修改公司章程、增加或者减少注册资本的决议，以及公司合并、分立、解散或者变更公司形式的决议，必须经出席会议的股东所持表决权的三分之二以上通过。
