应按照以下流程进行商品房初始登记：
1、开发商单方面提出申请；
2、商品房竣工后，开发商向登记机构提交相关材料；
3、取得登记机构收件单；
4、办理完初始登记，业主缴纳契税与维修基金等相关税费后，开发商与业主共同提出转移登记申请，并提交材料；
5、审核通过后，领取产权证。
法律依据:
《商品房销售管理办法》第三十四条房地产开发企业应当在商品房交付使用前按项目委托具有房产测绘资格的单位实施测绘，测绘成果报房地产行政主管部门审核后用于房屋权属登记。
房地产开发企业应当在商品房交付使用之日起60日内，将需要由其提供的办理房屋权属登记的资料报送房屋所在地房地产行政主管部门。
房地产开发企业应当协助商品房买受人办理土地使用权变更和房屋所有权登记手续。
