确定股权转让合同纠纷案件的管辖的方式：一般情况下，票据支付地或者被告住所地人民法院管辖。且若票据支付地是指票据上载明的付款地，票据上未载明付款地的，汇票付款人或者代理付款人的营业场所、住所或者经常居住地为票据付款地。
法律依据:
《中华人民共和国民事诉讼法》第二十三条因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。
《中华人民共和国民事诉讼法》第二十五条因票据纠纷提起的诉讼，由票据支付地或者被告住所地人民法院管辖。
《最高人民法院关于审理票据纠纷案件若干问题的规定》第六条因票据权利纠纷提起的诉讼，依法由票据支付地或者被告住所地人民法院管辖。票据支付地是指票据上载明的付款地，票据上未载明付款地的，汇票付款人或者代理付款人的营业场所、住所或者经常居住地，本票出票人的营业场所，支票付款人或者代理付款人的营业场所所在地为票据付款地。代理付款人即付款人的委托代理人，是指根据付款人的委托代为支付票据金额的银行、信用合作社等金融机构。第七条因非票据权利纠纷提起的诉讼，依法由被告住所地人民法院管辖。
