房屋实际面积和合同上有出入的处理方式是：
1、按照合同约定进行处理；
2、如果合同上约定不明确的，可与对方进行协商；
3、如果协商不成，可以依法向人民法院提起诉讼。
法律依据:
《商品房销售管理办法》第三十条房地产开发企业应当按照合同约定，将符合交付使用条件的商品房按期交付给买受人。未能按期交付的，房地产开发企业应当承担违约责任。
因不可抗力或者当事人在合同中约定的其他原因，需延期交付的，房地产开发企业应当及时告知买受人。
《商品房销售管理办法》第三十一条房地产开发企业销售商品房时设置样板房的，应当说明实际交付的商品房质量、设备及装修与样板房是否一致，未作说明的，实际交付的商品房应当与样板房一致。
