公司债务转让纠纷可以通过协商和解，仲裁，诉讼等方式处理。当事人可以先进行协商协商不成的可以申请仲裁，没有约定仲裁条款也无法达成一致的还可以诉讼，请求人民法院保护其合法权利。
法律依据:
《民事诉讼法》第一百一十九条
起诉必须符合下列条件：
（一）原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织；
（二）有明确的被告；
（三）有具体的诉讼请求和事实、理由；
（四）属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖。
第一百二十条
起诉应当向人民法院递交起诉状，并按照被告人数提出副本。
书写起诉状确有困难的，可以口头起诉，由人民法院记入笔录，并告知对方当事人。
