税务机关在发票管理中有权进行以下检查：
1、核对发票存根联与发票联填写情况；
2、开具发票换票证，将已开具的发票调出查验；
3、查阅、复制与发票有关的凭证、资料等。
法律依据:
《中华人民共和国发票管理办法》第三十条税务机关在发票管理中有权进行下列检查：
（一）检查印制、领购、开具、取得、保管和缴销发票的情况；
（二）调出发票查验；
（三）查阅、复制与发票有关的凭证、资料；
（四）向当事各方询问与发票有关的问题和情况；
（五）在查处发票案件时，对与案件有关的情况和资料，可以记录、录音、录像、照像和复制。
