公司收购个体工商户合法。个体工商户的合法权益受法律保护，享有对其经营的资产和合法收益的所有权。公司可以与个体工商户订立收购协议，收购完毕后，个体工商户应当办理注销登记。
法律依据:
《个体工商户条例》第二条有经营能力的公民，依照本条例规定经工商行政管理部门登记，从事工商业经营的，为个体工商户。个体工商户可以个人经营，也可以家庭经营。个体工商户的合法权益受法律保护，任何单位和个人不得侵害。
《个体工商户条例》第十条个体工商户登记事项变更的，应当向登记机关申请办理变更登记。个体工商户变更经营者的，应当在办理注销登记后，由新的经营者重新申请办理注册登记。家庭经营的个体工商户在家庭成员间变更经营者的，依照前款规定办理变更手续。
