办理商品房的土地使用权证的流程是：
1、签订土地使用权出让合同；
2、缴纳全部土地出让金；
3、持土地出让合同等材料到不动产登记机构办理土地使用权证。
法律依据:
《不动产登记暂行条例实施细则》第九条申请不动产登记的，申请人应当填写登记申请书，并提交身份证明以及相关申请材料。
申请材料应当提供原件。因特殊情况不能提供原件的，可以提供复印件，复印件应当与原件保持一致。
《不动产登记暂行条例实施细则》第三十五条申请国有建设用地使用权及房屋所有权首次登记的，应当提交下列材料：
（一）不动产权属证书或者土地权属来源材料；
（二）建设工程符合规划的材料；
（三）房屋已经竣工的材料；
（四）房地产调查或者测绘报告；
（五）相关税费缴纳凭证；
（六）其他必要材料。
