总公司法人变更了分公司合同有效。分公司属于总公司的分支机构，能够以自己的名义从事民事活动。总公司法人变更的，原合同有效。产生的民事责任由总公司承担。
法律依据:
《中华人民共和国民法典》第七十四条法人可以依法设立分支机构。法律、行政法规规定分支机构应当登记的，依照其规定。
分支机构以自己的名义从事民事活动，产生的民事责任由法人承担；也可以先以该分支机构管理的财产承担，不足以承担的，由法人承担。
《中华人民共和国民法典》第一百一十九条依法成立的合同，对当事人具有法律约束力。
《中华人民共和国民法典》第五百三十二条合同生效后，当事人不得因姓名、名称的变更或者法定代表人、负责人、承办人的变动而不履行合同义务。
