如果是宅基地使用证显示超过三层的，使用权人需要申请村委会出示证明，变更土地面积，携带证明与宅基地土地证到国土部门办理变更手续，最后再拿变更面积后的土地证到房管局办理宅基地上的房产证。
法律依据:
《不动产登记暂行条例实施细则》第二十六条下列情形之一的，不动产权利人可以向不动产登记机构申请变更登记：
（一）权利人的姓名、名称、身份证明类型或者身份证明号码发生变更的；
（二）不动产的坐落、界址、用途、面积等状况变更的；
（三）不动产权利期限、来源等状况发生变化的；
（四）同一权利人分割或者合并不动产的；
（五）抵押担保的范围、主债权数额、债务履行期限、抵押权顺位发生变化的；
（六）最高额抵押担保的债权范围、最高债权额、债权确定期间等发生变化的；
（七）地役权的利用目的、方法等发生变化的；
（八）共有性质发生变更的；
（九）法律、行政法规规定的其他不涉及不动产权利转移的变更情形。
