土地承包经营权变更的程序是：
1、承包方向当地乡镇人民政府农村经营管理部门提出变更申请；
2、乡镇人民政府农村经营管理部门受理申请后，对相关材料进行审核；
3、对符合条件的，报请原发证机关办理变更手续，并在农村土地承包经营权证登记簿上记载。
法律依据:
《不动产登记暂行条例》第十五条
当事人或者其代理人应当向不动产登记机构申请不动产登记。
不动产登记机构将申请登记事项记载于不动产登记簿前，申请人可以撤回登记申请。
第十六条
申请人应当提交下列材料，并对申请材料的真实性负责：
（一）登记申请书；
（二）申请人、代理人身份证明材料、授权委托书；
（三）相关的不动产权属来源证明材料、登记原因证明文件、不动产权属证书；
（四）不动产界址、空间界限、面积等材料；
（五）与他人利害关系的说明材料；
（六）法律、行政法规以及本条例实施细则规定的其他材料。
