公司收购中对小股东利益的保护方式有：
1、行使查阅、复制权，查阅、复制财务会计报告、董事会会议决议等；
2、公司收购中转让主要财产，小股东对股东会该项决议投反对票的，可以请求公司按照合理的价格收购其股权。
法律依据:
《中华人民共和国公司法》第三十三条股东有权查阅、复制公司章程、股东会会议记录、董事会会议决议、监事会会议决议和财务会计报告。股东可以要求查阅公司会计账簿。股东要求查阅公司会计账簿的，应当向公司提出书面请求，说明目的。公司有合理根据认为股东查阅会计账簿有不正当目的，可能损害公司合法利益的，可以拒绝提供查阅，并应当自股东提出书面请求之日起十五日内书面答复股东并说明理由。公司拒绝提供查阅的，股东可以请求人民法院要求公司提供查阅。
