公司规章制度与劳动合同不一样劳动者可以选择适用。公司应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。公司与劳动者订立的劳动合同与公司内部规章制度不一致时，劳动者可以选择优先适用合同约定，也可以选择优先适用公司规章制度。
法律依据:
《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律若干问题的解释（二）》第十六条用人单位制定的内部规章制度与集体合同或者劳动合同约定的内容不一致，劳动者请求优先适用合同约定的，人民法院应予支持。
《中华人民共和国劳动合同法》第三条订立劳动合同，应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则。
