农民种子纠纷可按照以下流程打官司：
1、确定纠纷的管辖法院，收集相关的证据并写好起诉状；
2、携带诉讼所需的相关资料到人民法院立案庭立案；
3、人民法院受理后，缴纳诉讼费用；
4、按照法院通知参加庭审；
5、等待法院判决。
法律依据:
《中华人民共和国民事诉讼法》第一百二十二条起诉必须符合下列条件：
（一）原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织；
（二）有明确的被告；
（三）有具体的诉讼请求和事实、理由；
（四）属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖。
《中华人民共和国民事诉讼法》第一百二十三条起诉应当向人民法院递交起诉状，并按照被告人数提出副本。
书写起诉状确有困难的，可以口头起诉，由人民法院记入笔录，并告知对方当事人。
