基本农田由国务院土地行政主管部门和农业行政主管部门管理。根据法律规定，各地的土地行政主管部门和农业行政主管部门按人民政府规定的职责分工，负责其行政区域内的基本农田保护管理工作。
法律依据:
《基本农田保护条例》第六条国务院土地行政主管部门和农业行政主管部门按照国务院规定的职责分工，依照本条例负责全国的基本农田保护管理工作。
县级以上地方各级人民政府土地行政主管部门和农业行政主管部门按照本级人民政府规定的职责分工，依照本条例负责本行政区域内的基本农田保护管理工作。
乡（镇）人民政府负责本行政区域内的基本农田保护管理工作。
