农村养羊环保局会管。根据法律规定，环境保护主管部门对畜禽养殖污染防治进行统一监督管理，农牧主管部门负责畜禽养殖废弃物综合利用的指导与相关服务。
法律依据:
《畜禽规模养殖污染防治条例》第五条县级以上人民政府环境保护主管部门负责畜禽养殖污染防治的统一监督管理。
县级以上人民政府农牧主管部门负责畜禽养殖废弃物综合利用的指导和服务。
县级以上人民政府循环经济发展综合管理部门负责畜禽养殖循环经济工作的组织协调。
县级以上人民政府其他有关部门依照本条例规定和各自职责，负责畜禽养殖污染防治相关工作。
乡镇人民政府应当协助有关部门做好本行政区域的畜禽养殖污染防治工作。
