工商登记实质性审查制度是工商登记机关对申请材料的实质内容进行核实的制度。行政机关应当对申请人提交的申请材料进行审查，根据法定条件和程序，需要对申请材料的实质内容进行核实的，行政机关应当指派两名以上工作人员进行核查。
法律依据:
《中华人民共和国行政许可法》第三十四条行政机关应当对申请人提交的申请材料进行审查。申请人提交的申请材料齐全、符合法定形式，行政机关能够当场作出决定的，应当当场作出书面的行政许可决定。根据法定条件和程序，需要对申请材料的实质内容进行核实的，行政机关应当指派两名以上工作人员进行核查。
