农村集体土地使用证变更流程是：
1、向集体土地所在地的县级人民政府土地行政主管部门提出变更登记申请；
2、提交变更登记的相关材料；
3、土地行政主管部门审核相关材料；
4、审核通过后，登记造册，核发新的集体土地使用权证书。
法律依据:
《不动产登记暂行条例》第十六条申请人应当提交下列材料，并对申请材料的真实性负责：
（一）登记申请书；
（二）申请人、代理人身份证明材料、授权委托书；
（三）相关的不动产权属来源证明材料、登记原因证明文件、不动产权属证书；
（四）不动产界址、空间界限、面积等材料；
（五）与他人利害关系的说明材料；
（六）法律、行政法规以及本条例实施细则规定的其他材料。
不动产登记机构应当在办公场所和门户网站公开申请登记所需材料目录和示范文本等信息。
