出让国有土地使用权的变更登记程序是：
1、向登记机构申请国有土地使用权变更登记；
2、地籍调查；
3、权属审核；
4、进行注册登记；
5、核发国有土地使用权证。
法律依据:
《中华人民共和国民法典》第三百五十五条建设用地使用权转让、互换、出资或者赠与的，应当向登记机构申请变更登记。
《不动产登记暂行条例实施细则》第三十七条申请国有建设用地使用权及房屋所有权变更登记的，应当根据不同情况，提交下列材料：
（一）不动产权属证书；
（二）发生变更的材料；
（三）有批准权的人民政府或者主管部门的批准文件；
（四）国有建设用地使用权出让合同或者补充协议；
（五）国有建设用地使用权出让价款、税费等缴纳凭证；
（六）其他必要材料。
