基本农田违建拆除流程是：
1、由行政机关调查取证；
2、行政机关确认建筑物违章后，对违章搭建人作出责令停止违法行为通知书，责令其停止违法建设行为；
3、搭建人不拆除违章建筑的，行政机关在处罚决定前，依法向其发出行政处罚告知书，告知拟处罚结果和被处罚人陈述、申辩等权利。
法律依据:
《中华人民共和国城乡规划法》第六十六条建设单位或者个人有下列行为之一的，由所在地城市、县人民政府城乡规划主管部门责令限期拆除，可以并处临时建设工程造价一倍以下的罚款：
（一）未经批准进行临时建设的；
（二）未按照批准内容进行临时建设的；
（三）临时建筑物、构筑物超过批准期限不拆除的。
