对于农村鱼塘确权，首先由当事人协商，如协商不成，由县级以上人民政府协调。当事人对人民政府所作的处理决定不满意的，可以依法向人民法院提起行政诉讼。
法律依据:
《中华人民共和国土地管理法》第十二条土地的所有权和使用权的登记，依照有关不动产登记的法律、行政法规执行。
依法登记的土地的所有权和使用权受法律保护，任何单位和个人不得侵犯。
《中华人民共和国民法典》第二百一十七条不动产权属证书是权利人享有该不动产物权的证明。不动产权属证书记载的事项，应当与不动产登记簿一致；记载不一致的，除有证据证明不动产登记簿确有错误外，以不动产登记簿为准。
