农村自建房有土地使用证和城镇建设规划许可证两个证件。村民办理住房所有权初始登记，房屋登记机构在受理后应当将申请登记事项在所在地农村集体经济组织内公告，经公告无异议或者异议不成立的，才可以进行登记。
法律依据:
《中华人民共和国民法典》第二百零九条不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力；未经登记，不发生效力，但是法律另有规定的除外。
依法属于国家所有的自然资源，所有权可以不登记。
《中华人民共和国民法典》第二百一十条不动产登记，由不动产所在地的登记机构办理。
国家对不动产实行统一登记制度。统一登记的范围、登记机构和登记办法，由法律、行政法规规定。
