如果是单位之间、个人之间、单位与个人之间发生的水事纠纷，首先可以协商解决，协商不成或不愿协商的，可以申请县以上地方政府或其授权的部门进行调解，也可以直接向法院起诉。
法律依据:
《中华人民共和国水污染防治法》第十一条任何单位和个人都有义务保护水环境，并有权对污染损害水环境的行为进行检举。
县级以上人民政府及其有关主管部门对在水污染防治工作中做出显著成绩的单位和个人给予表彰和奖励。
《中华人民共和国水污染防治法》第三十一条跨行政区域的水污染纠纷，由有关地方人民政府协商解决，或者由其共同的上级人民政府协调解决。
