应该通过以下方式保护自己小产权房：
1、对已签合同但不能取得产权证明的房屋，可以解除合同并要求退回已支付的购房款；
2、对于已签合同且取得产权证明的房屋，可以自住、出租或出售；
3、对于未签合同处于建筑工程中的房屋，可以依法进行土地征用、采取补救措施。
法律依据:
《土地管理法》第六十二条
农村村民建住宅，应当符合乡（镇）土地利用总体规划、村庄规划，不得占用永久基本农田，并尽量使用原有的宅基地和村内空闲地。编制乡（镇）土地利用总体规划、村庄规划应当统筹并合理安排宅基地用地，改善农村村民居住环境和条件。
农村村民住宅用地，由乡（镇）人民政府审核批准；其中，涉及占用农用地的，依照本法第四十四条的规定办理审批手续。
