协议出让和招拍挂的区别有：
1、适用范围不同。招拍挂适用于商业、旅游、娱乐和住宅等各类经营性用地，其他类型用地可以协议方式出让；
2、土地使用权出让金定价方式不同。协议出让由政府与土地使用者协商定价，而挂牌出让是社会公开竞价；
3、协议出让有最低价限制。
法律依据:
《中华人民共和国城市房地产管理法》第十三条土地使用权出让，可以采取拍卖、招标或者双方协议的方式。
商业、旅游、娱乐和豪华住宅用地，有条件的，必须采取拍卖、招标方式；没有条件，不能采取拍卖、招标方式的，可以采取双方协议的方式。
采取双方协议方式出让土地使用权的出让金不得低于按国家规定所确定的最低价。
