法院会查封老赖农村自建房。被执行人未按执行通知履行法律文书确定的义务，人民法院有权向有关单位查询被执行人的存款、债券、股票、基金份额等财产情况并根据不同情形查封、扣押、冻结、划拨、变价被执行人的财产。宅基地属于农民集体所有，不能查封，但如果房产是失信被执行人的合法财产，法院可以查封。
法律依据:
《民事诉讼法》第二百四十八条
被执行人未按执行通知履行法律文书确定的义务，应当报告当前以及收到执行通知之日前一年的财产情况。被执行人拒绝报告或者虚假报告的，人民法院可以根据情节轻重对被执行人或者其法定代理人、有关单位的主要负责人或者直接责任人员予以罚款、拘留。
