农转非后，双方当事人可以通过协商处理宅基地纠纷，当事人不愿协商、调解或者协商、调解不成的可以向仲裁机构申请仲裁；当事人对处理决定不服的，可以在接到处理决定后30日内直接向人民法院提起诉讼。
法律依据:
《中华人民共和国土地管理法》第十四条土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。
单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。
当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。
在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。
