抵押权会因主债权超过诉讼时效而消灭。因为法律规定，抵押权人未在主债权诉讼时效期间行使抵押权的，人民法院不予保护。因此，债权人不仅要在诉讼时效期间内积极主张债权，而且要在主张债权的同时积极主张抵押权。防止抵押权因诉讼时效经过而归于消灭。
法律依据:
《中华人民共和国民法典》第一百八十八条向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
