伪造借条的指纹鉴定应当运用专门技术对指纹的异同进行鉴别和评定。指纹鉴定的程序分为预备检验、分别检验、比较检验和综合评断。经过鉴定达到同一认定的目的，从而为刑事诉讼提供证据。
法律依据:
《公安机关办理刑事案件程序规定》第二百一十七条为了确定被害人、犯罪嫌疑人的某些特征、伤害情况或者生理状态，可以对人身进行检查，依法提取、采集肖像、指纹等人体生物识别信息，采集血液、尿液等生物样本。被害人死亡的，应当通过被害人近亲属辨认、提取生物样本鉴定等方式确定被害人身份。
犯罪嫌疑人拒绝检查、提取、采集的，侦查人员认为必要的时候，经办案部门负责人批准，可以强制检查、提取、采集。
检查妇女的身体，应当由女工作人员或者医师进行。
检查的情况应当制作笔录，由参加检查的侦查人员、检查人员、被检查人员和见证人签名。被检查人员拒绝签名的，侦查人员应当在笔录中注明。
