公司名称纠纷的处理方式：当事人可以向工商行政管理机关申请处理，也可以向人民法院起诉。且请求工商行政管理机关处理名称争议时，应当提交申请书、申请人的资格证明、举证材料等文件。
法律依据:
《业名称登记管理实施办法》第四十一条
已经登记注册的企业名称，在使用中对公众造成欺骗或者误解的，或者损害他人合法权益的，应当认定为不适宜的企业名称予以纠正。
第四十二条
企业因名称与他人发生争议，可以向工商行政管理机关申请处理，也可以向人民法院起诉。
第四十三条
企业请求工商行政管理机关处理名称争议时，应当向核准他人名称的工商行政管理机关提交以下材料：
（一）申请书；
（二）申请人的资格证明；
（三）举证材料；
（四）其他有关材料。
申请书应当由申请人签署并载明申请人和被申请人的情况、名称争议事实及理由、请求事项等内容。
委托代理的，还应当提交委托书和被委托人资格证明。
