公司合并的补偿方式有现金支付、股权支付、债权支付等。根据相关法律规定，公司合并不影响劳动合同的履行。原劳动合同继续有效，劳动合同由承继其权利和义务的用人单位继续履行。但若变动较大的除外。
法律依据:
《劳动合同法》第三十三条
用人单位变更名称、法定代表人、主要负责人或者投资人等事项，不影响劳动合同的履行。
第三十四条
用人单位发生合并或者分立等情况，原劳动合同继续有效，劳动合同由承继其权利和义务的用人单位继续履行。
第三十五条
用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容。变更劳动合同，应当采用书面形式。
变更后的劳动合同文本由用人单位和劳动者各执一份。
