股权代持协议公证进行审查的方式：由受理公证申请的公证机关，审查申请人提供的本人身份证明材料、代持协议、股权证明等相关材料的真实性、合法性，对符合相关条件的，应当自受理公证申请之日起十五个工作日内向当事人出具公证书。
法律依据:
《中华人民共和国公证法》第二十五条自然人、法人或者其他组织申请办理公证，可以向住所地、经常居住地、行为地或者事实发生地的公证机构提出。
《中华人民共和国公证法》第三十条公证机构经审查，认为申请提供的证明材料真实、合法、充分，申请公证的事项真实、合法的，应当自受理公证申请之日起十五个工作日内向当事人出具公证书。但是，因不可抗力、补充证明材料或者需要核实有关情况的，所需时间不计算在期限内。
《中华人民共和国公证法》第三十五条公证机构应当将公证文书分类立卷，归档保存。法律、行政法规规定应当公证的事项等重要的公证档案在公证机构保存期满，应当按照规定移交地方档案馆保管。
